9月13日上午，由医学部科研处组织召开的“争取国家十一五计划项目动员会”在医学部会议中心205会议室举行。医学部各学院的主管院长、系主任、重点实验室主任、研究中心主任、研究所所长、211学科群首席专家、长江学者特聘教授、杰出青年获得者等优秀中青年专家一百余人参加了动员会。
 
北京大学常务副校长、医学部常务副主任柯杨教授到会并做作了重要讲话。柯校长在讲话中分析了高校科学研究在国家创新体系中的地位，以及高校科研工作面对的挑战；分析了国家在人口与健康领域和基础科学研究中与医学相关的重大需求，并分析了医学部学科的综合优势及在科技创新中已经为国家作出的贡献和形成的特色，勉力与会同仁积极行动起来，以国家需求为己任，力争在十一五建设期间再立新功。柯校长还指出，作为高校，今后必须注重组织项目，只有学术自由的特色，不足以争取大项目与跨学科项目。医学部将由科研处负责，陆续组织专题研讨会，请专家共同商议医学部争取国家十一五项目大计。
 
科研处副处长沈如群在会上发言，介绍了北京大学2004年度北大科研工作通报会上，科研部邀请国家科技部规划司徐建国副司长初步介绍国家中长期规划，8月26日又邀请陈佳洱院士和教育部科技司明炬处长介绍国家十一五计划等情况。然后，就国家十一五计划的指导方针、定位调整及主要建设领域等方面一一作了概括介绍。
 
科研处处长方伟岗教授在会上作总结发言。他指出，今天的会虽然只是与大家通一个初步信息，但以往的经验是，准备工作往往决定下一个五年计划日子过得怎么样。方处长认为，医学部可以从三个层面争取进入国家十一五计划项目。第一、二层面属于集体作战，需要管理部门紧密配合，协调组织项目；第三个层面则要靠专家个人把握。
 
会后，第一个研讨会“感染性疾病专题研讨会” 在会议中心209会议室召开。受科研处的委托，研讨会由基础医学院院长、病理学系主任顾江教授主持，来自各单位不同学科的专家进行了初步交流，并向学校提出许多中肯的建议。