据中国科学技术信息研究所2005年12月6日召开的“第13届中国科技论文统计结果发布会”上公布的数据，2004年度《北京大学学报（自然科学版）》的计量指标有较大提升，并首次进入“中国百种杰出学术期刊”。

2004年学报的被引频次为514，影响因子为0.485，他引率为0.97，扩散因子为56.81。进入第四届“中国百种杰出学术期刊”的综合类学术刊物共有3种，另外两种是《科学通报》和《南京大学学报》。