2013年12月27日，最新基本科学指标数据库ESI (Essential Science Indicators)显示，北京大学微生物学（MICROBIOLOGY）在过去十年被ESI系统收入论文302篇，累计被引用3028次，全球排名第433位，已经进入全球微生物学科排名前百分之一的行列，成为北京大学第十九个进入全球前百分之一的学科。

近年来，北大学科发展水平进步较快，从2002年至今，北大进入世界前百分之一的学科从4个增加到19个，稳居国内首位。这19个学科分别为化学、物理学、临床医学、地球科学、生物与生物化学、材料科学、分子生物学与遗传学、工程学、环境与生态学、神经与行为科学、药学与毒理学、植物学与动物学、数学、心理学、经济学与商学、一般社会科学、计算机科学、微生物学、农业科学；其中化学、材料科学、临床医学、工程学、物理学进入ESI全球大学和科研机构排名前千分之一；药学与毒理学排名第55名，距离进入ESI全球前千分之一只差3名，是下一步最有希望进入前千分之一的学科。

注：ESI的学科划分与我国教育部的划分方式不同，它是基于SCI( Science Citation Index Expanded, 科学引文索引) 和SSCI( Social Sciences Citation Index, 社会科学引文索引) 所收录的全球1万余种学术期刊的1000 多万条文献记录而建立的计量分析数据库，并按22个学科领域将每种期刊进行归类, 所收录文献也依所属期刊分别归入22个学科领域。